1、 自然人转让个独、合伙企业份额
自然人转让个独企业，情况比较少见，较为常见的是自然人转让合伙企业份额。自然人转让个独企业、合伙企业股权根据《国务院关于个人独资企业和合伙企业征收所得税问题的通知》（国发[2000]16号）规定：“自2000年1月1日起，对个人独资企业和合伙企业停止征收企业所得税，其投资者的生产经营所得，比照个体工商户的生产、经营所得征收个人所得税”。此文件明确了合伙企业缴纳个人所得税的基础。
再来看《个体工商户个人所得税计税办法》（国家税务总局令第35号）第八条规定：“个体工商户从事生产经营以及与生产经营有关的活动（以下简称生产经营）取得的货币形式和非货币形式的各项收入，为收入总额。包括：销售货物收入、提供劳务收入、转让财产收入、利息收入、租金收入、接受捐赠收入、其他收入”。一般认为，股权转让收入属于财产转让收入，在此文件里，财产转让收入被划入个体工商户生产经营收入，而个体工商户生产经营所得适用5%-35%五级累进税率。这就是合伙企业股权转让应缴纳最高35%个人所得税的主要依据。
以上两个规定，结合国家税务总局《股权转让所得个人所得税管理办法（试行）》（国家税务总局公告2014年第67号），《办法》第二条 “本办法所称股权是指自然人股东（以下简称个人）投资于在中国境内成立的企业或组织（以下统称被投资企业，不包括个人独资企业和合伙企业）的股权或股份”和第四条“个人转让股权，以股权转让收入减除股权原值和合理费用后的余额为应纳税所得额，按“财产转让所得”缴纳个人所得税”规定，自然人股东转让股权按照“财产转让所得”缴纳个人所得税，而根据《个人所得税法》第三条的规定，“财产转让所得”的税率是20%。可以非常明确的说，自然人转让个独、合伙企业的股份份额不能按照“财产转让所得”的税率执行，应按照个人所得税5%-35%五级累进税率执行。
而很多专业人士，认为根据《民法典》的规定，将个体工商户和农村承包经营户归类为自然人。就推理出个体工商户转让股权应按照自然人股权转让的税率也应该是20%。从笔者的角度来看，《税法》和《民法典》立法的目的以及适用场景不同，不能够根据仅仅是“自然人”三个字就将适用于不同目的、不同场景的规定，进行牵强的关联。
2021年前，自然人通过合伙企业转让上市公司股份非常常见，因为合伙企业可以进行核定征收税率，大大降低缴纳的个税税率，通常能够降低至2%-3%。因此财政部、税务总局公告2021年第41号《关于权益性投资经营所得个人所得税征收管理的公告》第一条规定：持有股权、股票、合伙企业财产份额等权益性投资的个人独资企业、合伙企业（以下简称独资合伙企业），一律适用查账征收方式计征个人所得税。
2、 法人转让合伙企业份额
法人合伙人转让合伙份额。根据财税[2008]159号《财政部国家税务总局关于合伙企业合伙人所得税问题的通知》中第二条规定“合伙企业以每一个合伙人为纳税义务人。合伙企业合伙人是自然人的，缴纳个人所得税；合伙人是法人和其他组织的，缴纳企业所得税”。因此，法人合伙人转让合伙企业份额，根据《企业所得税法》第一条、第四条、第六条规定：股权转让收入为转让财产收入，依法缴纳企业所得税，企业所得税的税率为25%。